Ambiente
Ubuntu Server 10.04 64bits interface grafica GDM instalada
1 - Realizar a atualização dos link's
sudo apt-get install update
2 - Atualizar seu Ubuntu
sudo apt-get upgrade
3 - Em seguida devemos realizar a instalação do Java
sudo add-apt-repository "deb http://archive.canonical.com/ lucid partner"
sudo apt-get update
sudo apt-get install sun-java6-jre sun-java6-plugin sun-java6-fonts
P.S. Repare que na linha acima estou instalando um plugin, este plugin é referenciado ao navegador no meu caso tenho o Firefox, caso voce não tenha um navegador pode instalar pelo comando abaixo.
sudo apt-get install firefox
4 - Em seguida devemos realizar a instalação doWine
sudo apt-get install wine
P.S. A instalação do wine requer acesso liberado a internet, caso voce possuir algum proxy ou firewall certifique-se de liberara o acesso completo a web.
5 - Em seguida realize o Download do FileZilla Server e salve no / de seu servidor Ubuntu, a Versão do FileZilla é 0.9_32bits
6 - Apos o download efetue um duplo click no arquivo .exe e o wine ja ira compilar os arquivos para instalação em seguida acompanhe os passo-a-passo (next - next etc...)
P.S. Atenção segundo o que consta nas documentações do Wine o Filezilla Server NÃO funciona no linux entre as portas 1 - 1024 conforme link http://appdb.winehq.org/objectManager.php?sClass=version&iId=14731&iTestingId=34305. A partir da porta 1025 para frente ele funciona perfeitamente.
Espero ter ajudado, grande abraço a todos.